15 stycznia 1939 r. w „Dzienniku Białostockim” przytoczono fragment sprawozdania Komitetu Budowy Kościoła: Ukończenie budowy wieży, na której stoi statua Matki Boskiej, oświetlona na uroczyste święto reflektorami. Wewnętrzne tynkowanie jeszcze nie ukończone, wstawiano okna i oszklono kopułę. Autor sprawozdania proboszcz parafii św. Rocha ks. A. Abramowicz wyrażał nadzieję, że jeszcze w 1939 r. świątynia zostanie oddana do kultu.
Wieża miała spełniać jeszcze jedną niezwykle ważną funkcję służąc jako dzwonnica, nagłaśniając całe miasto dźwiękami przywołującymi na nabożeństwa, towarzysząc w ostatniej drodze mieszkańców. Dzwony świętoroskie kontynuują tradycje zabranych przez uciekającego z miasta zaborcę rosyjskiego, latem 1915 r. Największy dzwon zwany Wielki, wiszący w wieży starego kościoła Farnego ważył 100 kamieni, a opasywały go napisy:
" Twój jest dzień.
Twoja jest noc.
Panu Panów.
Kościół i parafia białostocka poświęcili.
Roku 1832 dnia 1 lipca.
Imię moje Kazimierz.
A ci co mnie po trzeci raz przeleli:
Aleksander Rymaszewski,
Wincenty Włodkowski. Litwini.
Jak twój w serce grzeszne wnosząc rozrzewnienie.
Wezwie do pokuty.
Zapowie zbawienie.
Zmarły powierzy ci nadzieje i losy
Z twemi ulecą do nieba wiernych głosy.
Tłumaczu strat naszych i wszystkich żałości!
O stań się zwiastunem powszechnej radości. "
We wrześniu 1939 r., w bombardowanej Warszawie, w ruinach Politechniki Warszawskiej zginął projektant – Oskar Sosnowski, nie doczekawszy się pełnej realizacji swego pomysłu. Budowa Pomnika Niepodległości jednak trwała nieprzerwanie i w latach okupacji.
W 1940 r. zbudowano pierwsze piętro wewnętrznych galerii świątyni. To nasunęło sowietom pomysł odebrania świątyni i przeznaczeni jej na cyrk.
Jak wspominali parafianie św. Rocha, ci okupanci dwukrotnie nakładali na parafię kontrybucję, na którą wędrowały pozostałości kosztowności parafian, aż do zupełnego wyczerpania, tak, że na drugą kontrybucję w czerwcu 1941 r. nie zebrano odpowiedniej kwoty i miano oddać mury nie dokończonej świątyni władzom.
Ze szlochem, leżąc krzyżem we wnętrzu parafianie uczestniczyli w ostatnim jak się wydawało nabożeństwie, żegnając się z marzeniami i planami. Było to ostateczne pokonanie polskiego Białegostoku.
Stało się inaczej. Następnej niedzieli nie było już w mieście okupantów sowieckich, a jeszcze nie wkroczyli okupanci niemieccy, parafianie św. Rocha odśpiewali w niedokończonym wnętrzu pieśń Boże cos Polskę… Usytuowany pod wieżą i zakrystią żelbetonowy schron, a także wkopane we wzgórze inne ziemne schrony zabezpieczały kryjących się w nich od tragicznych w skutki bombardowań miasta w 1943 i 1944 r.
W 1942 r. ułożono posadzkę, ustawiono szafy w zakrystii. W 1943 r. sporządzono dębową ambonę, w 1944 r. trzy takież konfesjonały.
Już po froncie 1944 r. żołnierze polscy uczestnicząc w pracach we wnętrzu zaleli cementem żelbetowe sklepienie pierwszego piętra galerii. Wykonano też wówczas żelazną kratę kaplicy św. Rocha.
Rok 1945 r. zaczął się od sporządzania ołtarzy, ustawiono figurę Najświętszego Serca Jezusa w ołtarzu głównym Chrystusa Króla. (Ołtarz ten był projektowany przez O. Sosnowskiego, nie odczekał się nigdy pełnej realizacji. Obok postaci Chrystusa miała stanąć postać Maryi, w otoczeniu świętych polskich.
